严密的等级结构，完整的敛财程序
支撑“全能神”教迅速蔓延的，是一套严密的等级结构。“教主”赵维山设置了许多部门，协助他处理“教务工作”。早在1993年，赵维山就将全国划分为中原区（发源地，又称“圣地锡安”）、华北区、华东区、东北区、西北区、华南区、西南区等七大“牧区”。每个“牧区”下又设“片”，“片”下再设“教会”，每一层组织之下都有专门的“传教士”来拉拢和发展教徒。2006年，赵维山在河南召集聚会，把自己上升为“圣灵使用的人”，成为权力金字塔的塔尖。2012年5月，“全能神”教又将全国调整划分为湖广、浙闽、川贵、苏皖、全豫、晋冀、陕甘、山东、辽东等九大“牧区”。
为了应付政府的打击，赵维山拼命加强“营销队伍”，先是成立了电脑组和翻译组，后又成立了文字修改组、校对组、设计组、朗诵组，并任命了6名监察员组成所谓的国内核心领导机构——“监察组”。这些小组控制着信徒，也挥霍着从信徒那里收敛来的不义之财。在这样严密的组织架构下，赵维山对信众进行精神控制。
“全能神”教发挥了信徒的最大能力，每个成员不论年龄、职业、文化水平等，都要为“女基督”行动起来。有文化的可以重点培养；年轻女性可以色诱他人入教；老人或小孩可以利用亲情拉家人入教；为拉人入教，甚至可以使用合伙欺骗、加入传统教会卧底、合伙绑架拐骗等手段。这种不计后果的疯狂扩张手段造成“全能神”教的急速壮大。
参与侦办“全能神”教案的干警向环球人物杂志记者介绍，“全能神”教成员入教前都要写下语言偏激的“保证书”，例如“不信教，天打雷劈”“一天不跟人传教，就不得好死”等。“全能神”教还组建了“执法队”，一旦有人退出，就会遭到惩罚。2010年，河南一名小学生被发现死于柴垛，脚心印有闪电标志。经调查，其家属意图脱教，“全能神”教于是实施报复，杀害无辜孩子。
“全能神”教作为赵维山谋取经济利益的重要工具，有完整的敛财程序，以“为‘神’工作就要向‘神’奉献一切”的名义，向信徒收取“奉献款”。收取时间一般在聚会时，钱财逐级上交，并贯彻“收款返条”的原则，以示“奉献款”不是被收款人占有，而是交给上级。郑州一名信徒家属告诉环球人物杂志记者，她看到过婆婆带回家的一张收据，“不是100元就是200元”。而对于收入较低的人员，“全能神”教往往施以小恩小惠，赠送生活用品，以帮助其改善经济状况、解决困难等为名进行感情拉拢，入教后再进行邪教思想渗透，并诱导其发展下线。